Persepolis to historia o dojrzewaniu w Teheranie, w czasach wybuchu rewolucji islamskiej. Dziewięcioletnia Marjane wychowana w nieco zwariowanej, inteligenckiej rodzinie marzy o zostaniu prorokinią.
Poznajemy ją (a wraz z nią Iran), gdy fundamentaliści przejmują władzę, zmuszając kobiety do noszenia chust, a mężczyzn do zapuszczania brody. Obserwujemy jej inteligentną grę ze "stróżami moralności", odkrywanie zakazanego punku, Abby i Iron Maiden.
Kiedy nasilają się prześladowania i wojna Iran-Irak nabiera gwałtowności, Marjane zostaje wysłana przez troskliwych rodziców do szkoły w Austrii.
